ölge genelinde, küçük ölçekli olmalarına rağmen sık bir akarsu ağı vardır. Sakarya, Ergene, Susurluk, Meriç ve Biga Çayı bölgedeki başlıca akarsulardır. Bölge’de irili ufaklı bir çok doğal ve yapay göl bulunur. Büyükçekmece Gölü, Küçükçekmece Gölü, Durusu Gölü, İznik Gölü, Sapanca Gölü, Ulubat Gölü ve Manyas Gölü, açık havası olan tatlı su gölleridir. Bunların haricinde özellikle Güney Marmara Bölümü’nde Biga Yarımadası üzerinde sulama amaçlı birçok baraj gölü ve gölet bulunur.