Göl bakımından oldukça zengin olan bir bölgedir. Bölge’de irili ufaklı bir çok doğal ve yapay göl bulunur. Çatalca- Kocaeli bölümünde Büyükçekmece Gölü, Küçükçekmece Gölü, Durusu Gölü, Güney Marmara bölümünde ise İznik Gölü, Sapanca Gölü, Uluabat Gölü ve Manyas Gölü, açık havası olan tatlı su gölleridir. Bunların haricinde özellikle Güney Marmara Bölümü’nde Biga Yarımadası üzerinde sulama amaçlı birçok baraj gölü ve gölet bulunur.